GraphPad Prism 行列分组 (Grouped) 图形绘制——热图的绘制

发布于 2023年6月13日星期二 15:26:19 浏览：5872

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热图.zip 请勿重复点击，如无响应请耐心等待或稍后再试。

热图 (Heatmap)是利用图形颜色变化和种类变化直观反映矩阵数据大小的一类图形，可以反映变量在不同水平上的相似性和差异性，常用于生物信息分析中，例如展示各种基因和RNA在不同样本中的表达量，同时也常常与聚类分析联合使用方便结果的解读。本文实例介绍在GraphPad Prism中绘制热图的步骤。

关键词: GraphPad Prism; 行列分组表; 热图

一、案例介绍

研究者收集了2022年A-H 8个省每月平均气温数据，试用恰当图形直观描述该数据。数据见图1，本案例数据可从“附件下载”处下载。

二、问题分析

研究者收集了8个省市每月平均气温数据，为8×12的矩阵数据，因此可以尝试绘制热图以描述该数据。

三、软件操作及结果解读

(一) 数据读取

1. 直接录入

打开GraphPad Prism，在弹出的欢迎界面中，选择左侧New table & graph (新建图表)中的Grouped (行列分组表)，Data table (数据表)选择Enter or import data into a new table (在新的数据表中写入或导入数据)，在Options (选项)中，选择Enter and plot a single Y value for each point (为每个点输入单一Y值)，单击create创建数据表 (图2)。

在每一行中输入A-H省份每月平均气温(图3)。

2. 外部导入

用户也可以导入已有的数据，具体过程如下：

(1) 点击上方工具栏file中的import选项 (图4)

(2) 在弹出的对话框的右下角先选择需要导入的数据存放格式 (图5)，然后选择用户的目标文件，单击OK

(3) 在随后弹出的对话框Import and Paste Special Choice (导入并粘贴特殊选项，图6)的Linking and embedding (联系和嵌入)中选择Insert data only (仅插入数据)

(4) 点击Import即可导入数据

将数据表重命名为“热图”(图7)，对数据命名有助于日后的文件管理。如有需要，用户可以在Info部分对实验时间、实验编号和项目名称等进行简单描述，或者单击工具栏Sheet选项中的图标，可以在各表单上添加悬浮笔记，记录需要的信息。

(二) 图形绘制

点击左侧导航栏中的Graphs部分下属图片文件，弹出Change Graph Type界面，在Heat Map (热图)下选择读者所需要的颜色组合 (注：在此选择颜色后可在图形美化步骤中重新选择颜色配置)，单击OK (图8)，结果如图9所示。

单击选中图形中的横纵坐标、图例等，利用上方的Text工具栏可以对其字体、字号等进行修改 (图10)，并可自由增加或删减图形中的元素。

(三) 图形美化

1. 颜色的美化

① 在工具栏Change栏中，单击图标或者双击图形绘制区，可进入Format Graph (图表样式)界面的Color mapping (颜色变换)选项卡

② 在Colormap (颜色地图)下拉列表中可以选择多种颜色样式，感兴趣的读者可自行尝试，本例选择Double gradient (双渐变色)

③ 在Range (范围)栏的Largest Value (最大值)、Baseline Value (基线值)和Smallest value (最小值)中选择合适的颜色，一般而言，Largest Value (最大值)和Smallest value (最小值)通常设置成对比色，例如红蓝、红绿等，而Baseline Value (基线值)常设置成白色或黑色，本例具体设置如图11所示

④ 在Range (范围)栏右侧为Auto (自动)和Custom (自定义)，可在此处自定义所设置颜色的范围，本例中此处保持默认

2. 图形框架与坐标轴的美化

(1) 整体框架的设置

① 在工具栏Change栏中，单击图标或者双击图形绘制区，可进入Format Graph (图表样式)界面的Graph Setting (图形设置)选项卡

② 在Borders and background (边框和背景)栏下，Cell Borders (每一小格的边框)和Heatmap borders (热图边框)中可以设置图形边框的粗细及颜色

③ 在Shape and Size (形状与尺寸)下可以对热图的大小进行调整，本例具体设置见图12

(2) 坐标轴设置

① 单击Format Graph (图表样式)中的Title (标题)选项，勾选Row labels title (行标题)和Column labels title (列标题)下的Show row labels title (显示行标题)和Show column labels title (显示列标题)，单击OK后在图形中输入对应的横纵轴标题 (图13)

② 单击Format Graph (图表样式)中的Labels (标签)选项，在Row labels (行标签)中的label (标签)第一个下拉列表中选择Row title (行标题)，即可将行刻度更改为所输入数据的标题

③ 列标题设置同行标题，在Column labels (列标签) 中的label (标签)第一个下拉列表中选择Column title (列标题)，并且勾选Mark (标记)中的Every column (每一列)，即可将列刻度更改为所输入数据的标题 (图14)